Resumen del seminario del 19 de abril del 2016

Hola a tod@s:

En esa ocasión revisamos el artículo de Cavalli-Sforza, L y M. W. Feldman. 1972. Models for cultural inheritance.

El artículo plantea un modelo matemático “simple” para medir la evolución de los rasgos continuos a partir de la conducta cultural, el lenguaje o el factor social en los individuos de alguna comunidad donde las creencias, religión y costumbres están arraigadas pero con el paso del tiempo y la aparición de nuevas generaciones se pueden ir manteniendo o perdiendo.

Los autores del artículo empiezan tratando de diferenciar los conceptos de herencia biológica y herencia cultural. La herencia cultural es la transmisión de información de generación en generación incluyendo al menos costumbres y lenguajes y en cada generación puede haber una aportación nueva que se vaya incluyendo a las costumbres ancestrales definiendo así fenotipo cultural. En cambio los autores indican que en la herencia biológica la información solo puede ser transmitida de los padres a los hijos codificada en el DNA. En la discusión del seminario se llego al acuerdo de que los autores no hacen una diferencia muy marcada entre ambas “herencias” y se presta a confusión lo que realmente significa herencia biológica.

Un punto importante que se abordó en el seminario y que indican en un párrafo los autores es que el individuo que nace, crece y se desarrolla en la misma comunidad toda su vida va a tener un fenotipo biológico y cultural diferente a comparación de un individuo que nace en la comunidad pero crece y se desarrolla en un entorno completamente diferente. Esto puede llevar a cambios en la herencia cultural que se heredaran a sus descendientes de una manera diferente a la que sus ancestros heredaron a sus padres por lo que puede llevar a la perdida y/o ganancia de información que solo se verá reflejada si la información logra trascender a las siguientes generaciones.

El modelo planteado se utilizo para analizar la transmisión de la información de dos formas: uniparental y biparental.

La transmisión de información uniparental indica que en una población muy conservada los padres tienen rasgos culturales casi idénticos a los del resto de la comunidad por lo que la herencia de información variara muy poco hacia los hijos y permanecerán las costumbres en general. En el seminario se acordó que en este tipo de poblaciones era común que los propios pobladores obligaran a homogeneizar a todos los individuos en algún punto de su vida y esto sucede mayoritariamente en poblaciones con muchos ancianos a diferencia de poblaciones con pocos ancianos y muchos jóvenes que tienden a adquirir de manera más natural nuevas costumbres.

La transmisión de información biparental es donde la información solo es transmitida de parte de uno de los progenitores a su hijo del mismo sexo.  Esto puede promover la perdida de información en caso de que la progenie no sea del mismo sexo que el padre o la madre.

El caso en que la población desapareciese gradual o repentinamente no se considera dentro de la fórmula por la propia flexibilidad y simpleza de la misma, por lo que medir la perdida de información no es viable al menos con el modelo que plantean los autores. No obstante, los autores concluyen que el modelo se puede adaptar a las necesidades de lo que se desee evaluar de evaluar.

De nuevo si algo no puse bien o ustedes lo objetan con gusto se puede discutir.

Saludos!

Alejandra

Seminario del 03 de mayo del 2016

Hola a tod@s:

En esta ocasión Ernesto Zavala nos platicará un artículo con el siguiente el titulo “Herpetofauna diversity and microenvironment correlates across a pasture–edge–interior ecotone in tropical rainforest fragments in the Los Tuxtlas Biosphere Reserve of Veracruz, Mexico”.

Saludos!

Alejandra

 

Resumen

Existe una gran perdida de especies debido a la deforestación de la selva. Los grupos de vertebrados menos estudiados son los anfibios y reptiles tropicales.

El cambio en las especies no solo se ven afectadas por el cambio de la cobertura de la vegetación como se propone en la teoría de la biogeografía de islas de MacArtur y Wilson, también se ve afectada por la composición de la matriz y el el efecto de borde.

En este artículo se estudian los anfibios y reptiles de los Tuxtlas y el efecto de borde entre la selva y el pastizal. Se observa un recambio de especies en el gradiente potrero-borde- interior de la selva. Como parte de los resultados clasifican a los anfibios y reptiles en cinco ensamblajes, basados en la afinidad al hábitat en el que se encuentran (generalista, pastizal, selva, interior le la selva y borde de la selva).

Liga para descargar el artículo

Urbina-Cardona J. N., M. Olivares-Pérez y V. H. Reynoso. 2006. Herpetofauna diversity and microenvironment correlates across a pasture–edge–interior ecotone in tropical rainforest fragments in the Los Tuxtlas Biosphere Reserve of Veracruz, Mexico.

Resumen del seminario 05 de abril del 2016

En esa ocasión tuvimos el placer de contar con una plática que nos dio David (Seminario del 05 de abril del 2016). Les dejo el resumen de su plática y sus resultados.

Saludos!

Alejandra

 

Estudio sobre la multifuncionalidad en polipéptidos

Respecto al trabajo usado como antecedente para mi proyecto, se podría concluir que se desarrolló y se validó un algoritmo que pudiera predecir posibles actividades compatibles con la función de ser penetrador de células. De acuerdo a los resultados de la predicción, las funciones de unión a ADN y de ser antimicrobiano serían compatibles con la de penetración de célula. Para hacer la validación de este método, se diseñaron tres péptidos (NLS-α-CE, α-NLS-C y Chimera) de tal forma que tuvieran estas tres funciones. En experimentos de crecimiento bacteriano de cepas de E.coli, los péptidos presentaron MICs de 2, 20 y 22 uM para NLS-α-CE, α-NLS-C y Chimera, respectivamente. Mediante los ensayos EMSA (ElectroMobility Shift Assay), se comprobó que efectivamente se unen a ADN, pues al correr plásmidos en presencia de estos péptidos diseñados, no se observó migración alguna al aplicar campo eléctrico. Por último, a estos mismo péptidos se les marco con un colorante llamado TAMRA, y se incubaron junto con un cultivo de levaduras. Usando un miscroscopio de fluorescencia confocal, se observó que el péptido había penetrado en las células de levadura.

Estos resultados sirvieron de motivación para mi proyecto de investigación, que se enfoca en desarrollar una metodología que me permita determinar las posibles actividades compatibles para una función de interés. Para lograrlo, utilizaré el algoritmo desarrollado en el trabajo previamente mencionado. Sin embargo, yo no predeciré péptidos que sean penetradores de células; si no péptidos que puedan realizar la función de mi interés.

Para mi set objetivo, tomé 55 millones de secuencias peptídicas de la base de datos de Pfam. Como dije previamente, esta vez el algoritmo fue entrado para predecir otra función, la de unión a ADN. Después de correr el algoritmo, solamente 145,352 secuencias presentaron capacidad para llevar a cabo esta función. De todas estas secuencias, se buscó la proteína a la cuál pertenecían, y se realizo un filtro, para descartar todas aquellas de las cuáles no existía evidencia experimental de que desarrollaban la actividad predicha, reduciendo el número de péptidos a 543.

El segundo filtro se encarga de eliminar aquellos péptidos que resulten ser falsos positivos, es decir, secuencias que presenten solamente un cambio de especificidad. Una forma de visualizar este cambio de especificidad es en un grupo de enzimas que tengan en común los primeros tres dígitos de la clasificación enzimática, pues todas las enzimas en este conjunto realizan la misma reacción, cambiando solamente el sustrato. Para comprobar que efectivamente esta era una buena forma de medir cambios de especificidad, se formaron grupos de enzimas que compartieran los primeros tres números de la clasificación enzimática, y se comparaban las relaciones ontológicas (obtenidas de Gene Ontology, GO) entre enzimas del mismo grupo. Desafortunadamente no fue posible visualizar intuitivamente este cambio de especificidad con esta metodología (esto se mostró en los grafos que presenté al final de mi presentación, en donde había ramificaciones en diferentes niveles). Otra alternativa para medir cambio de especificidad consiste en usar el mismo algoritmo de clasificación, pero entrenándolo esta vez para predecir cambio de especificidad.

Invitación a evento: Pyladies

Hola a tod@s:

Les hago una cordial y atenta invitación al evento organizado por Pyladies en donde se verán una serie de pláticas acerca de cómo se utiliza python en la ciencia actual. Además los interesados podrán aprender o enseñar sus vivencias con python.

Les dejo el póster con la ubicación y la programación.

Saludos!

Alejandra

welcome

 

 

Seminario del 26 de abril del 2016

Hola a tod@s:

En esta ocasión tendremos el placer de ver un artículo que nos va a presentar Nancy acerca de la teoría del mundo del RNA.

Recordándoles que a partir de la siguiente semana el horario será de 11:30-13:30.

 

The RNA world hypothesis: the worst theory of the early evolution of life (except for all the others) de Harold S Bernhardt

En sesiones anteriores hemos cuestionado la robustes de las teorías biológicas.  Mientras que las teorías físicas han sido bien definidas y pueden ser claramente abordadas con algoritmos matemáticos, las teorías biológicas se parecen más a esfuerzos por explicar los fenómenos de la vida, mediante propuestas congruentes con los procesos, fenómenos y formas de vida que conocemos en la actualidad.

Una de las teorías que se ha planteado para explicar los inicios de la vida, ha sido la “teoría del mundo del RNA” en la cual se propone que hubo una etapa en la que las moléculas de RNA pudieron realizar diversas funciones de tipo informativo, catalítico, de señalización, entre otros.
En el artículo que les envío se hace una crítica a las posibles evidencias de un “mundo de RNA”. Espero que el tema nos permita generar una discusión sobre la valides y relevancia de esta teoría
Saludos,
Nancy

 

 

Liga para el artículo:

Bernhardt HS. 2012. The RNA world hypothesis: the worst theory of the early evolution of life (except for all the others)a.

Alejandra

Seminario del 05 de abril del 2016

Hola a tod@s:

Para retomar el seminario tendremos el placer de escuchar a David Alejandro Castillo González del Instituto de Fisiología Celular. Él nos va a platicar sobre su proyecto titulado “Estudio sobre la multifuncionalidad en polipéptidos”.

Les dejo un breve resumen de la platica que nos dará David.

 

Estudio sobre la multifuncionalidad en polipéptidos

En resumen, estoy trabajando en el desarrollo de una metodología para poder predecir si un polipéptido será capaz de ser multifuncional, es decir, que pueda llevar a cabo más de una función.
Para hacer esto, primero elijo los péptidos sobre los cuales quiero hacer la predicción, los cuales obtengo de la base de datos PFAM. Después, elijo una función que quiero investigar, digamos la actividad de poder unirse a ADN. Ahora, entreno un clasificador para que sea capaz de distinguir péptidos que tiene función de unión a ADN, y cuáles no tienen esta actividad. Una vez entrenado, uso este clasificador en los péptidos que obtuve de PFAM, para saber cuáles tienen la función que estoy buscando (unión a ADN).
Luego de haber obtenido estos péptidos predichos par aunión a ADN, deben pasar por otros filtros. El primero consiste en seleccionar aquellos que cuentan con alguna evidencia experimental sobre su función; y el segundo consite en eliminar a todos aquellos que puedan ser falsos positivos, es decir, péptidos que no presenten multifuncionalidad, y que se trate solamente de un cambio de especificidad. Actualmente estoy trabajando en esta parte, pues de nuevo he decidido utilizar un clasificador, pero esta, que me permita discernir entre péptidos con cambio de especificidad, y los que no.
Una vez que pueda eliminar a todos esos falsos positivos. el siguiente paso consiste en investigar todas las actividades que posiblemente puedan realizar que cada uno de los péptidos restantes. Estas actividades posibles se encuentran reportadas en bases de datos, como en la de uniprot. Ya con toda esta información recopilada, se seleccionarán los candidatos definitivos, para probar experimentalmente si los péptidos poseen  las actividades posibles, y asi validar mi metodologia.