Seminario del 05 de abril del 2016

Hola a tod@s:

Para retomar el seminario tendremos el placer de escuchar a David Alejandro Castillo González del Instituto de Fisiología Celular. Él nos va a platicar sobre su proyecto titulado “Estudio sobre la multifuncionalidad en polipéptidos”.

Les dejo un breve resumen de la platica que nos dará David.

 

Estudio sobre la multifuncionalidad en polipéptidos

En resumen, estoy trabajando en el desarrollo de una metodología para poder predecir si un polipéptido será capaz de ser multifuncional, es decir, que pueda llevar a cabo más de una función.
Para hacer esto, primero elijo los péptidos sobre los cuales quiero hacer la predicción, los cuales obtengo de la base de datos PFAM. Después, elijo una función que quiero investigar, digamos la actividad de poder unirse a ADN. Ahora, entreno un clasificador para que sea capaz de distinguir péptidos que tiene función de unión a ADN, y cuáles no tienen esta actividad. Una vez entrenado, uso este clasificador en los péptidos que obtuve de PFAM, para saber cuáles tienen la función que estoy buscando (unión a ADN).
Luego de haber obtenido estos péptidos predichos par aunión a ADN, deben pasar por otros filtros. El primero consiste en seleccionar aquellos que cuentan con alguna evidencia experimental sobre su función; y el segundo consite en eliminar a todos aquellos que puedan ser falsos positivos, es decir, péptidos que no presenten multifuncionalidad, y que se trate solamente de un cambio de especificidad. Actualmente estoy trabajando en esta parte, pues de nuevo he decidido utilizar un clasificador, pero esta, que me permita discernir entre péptidos con cambio de especificidad, y los que no.
Una vez que pueda eliminar a todos esos falsos positivos. el siguiente paso consiste en investigar todas las actividades que posiblemente puedan realizar que cada uno de los péptidos restantes. Estas actividades posibles se encuentran reportadas en bases de datos, como en la de uniprot. Ya con toda esta información recopilada, se seleccionarán los candidatos definitivos, para probar experimentalmente si los péptidos poseen  las actividades posibles, y asi validar mi metodologia.

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